生物學和工程學是發(fā)酵工程發(fā)展的基礎，而生物學和工程學相關領域的蓬勃發(fā)展，為現代發(fā)酵工程的發(fā)展進步奠定了基礎。未來的生物學領域，基于各種組學和試驗生物科學的進步，對細胞功能的認識將進一步深入，對細胞功能進行優(yōu)化的方法將不斷豐富，效果將不斷提高，同時發(fā)酵產品以及相關發(fā)酵工藝將大大拓展。
　　未來工程學領域的研究，基于對細胞群體效應的解析，將向著過程的系統(tǒng)與集成優(yōu)化方向發(fā)展，通過優(yōu)化模塊單元與系統(tǒng)組裝來優(yōu)化發(fā)酵過程，最終提高目標產品的產量。未來，系統(tǒng)生物學和合成生物學技術，發(fā)酵過程的細胞群體效應解析技術、發(fā)酵過程的復雜多相體系放大技術、基于多產物聯產目標的全局調控技術、發(fā)酵過程集成和系統(tǒng)優(yōu)化技術等將成為未來發(fā)酵工程發(fā)展的主要技術平臺。
    產業(yè)方面，未來10-20年的時間，中國將逐步從發(fā)酵工業(yè)大國轉變?yōu)榘l(fā)酵工業(yè)強國。發(fā)酵工業(yè)產品將更加集中于國內已形成較大規(guī)模，對國民經濟產生重大影響的產品，已形成出口能力，能參與國際競爭的產品，受知識產權限制，長期依賴進口，急需技術突破的產品。技術發(fā)展方向將集中于原料拓展、菌株改造、工藝優(yōu)化、綜合利用。中國發(fā)酵工業(yè)的發(fā)展目標是提升發(fā)酵工業(yè)整體技術水平，提高產品經濟技術指標，增強國際競爭力，創(chuàng)造重大的社會和經濟效益。