發(fā)酵工程微生物無菌培養(yǎng)直接關(guān)系到生產(chǎn)過程的成敗。無菌問題解決不好，輕則導致所需要的產(chǎn)品產(chǎn)量減少，質(zhì)量下降，后處理困難；重則會使全部培養(yǎng)液變質(zhì)，導致大量的培養(yǎng)基報廢，造成經(jīng)濟上的嚴重損失，這一點在大規(guī)模的生產(chǎn)中更為突出。為了保證培養(yǎng)過程的正常進行，防止染菌的發(fā)生，所使用的培養(yǎng)基、發(fā)酵設(shè)備、附屬設(shè)備及通入罐內(nèi)的空氣均須徹底除菌，這是防止發(fā)酵過程染菌、確保正常生產(chǎn)的關(guān)鍵。
      消毒一般指采用較溫和的理化因素，僅殺死物體表面或內(nèi)部一部分對人體有害的病原菌，而對被消毒的物體基本無害的措施。例如，對于皮膚、水果、飲用水、場地、空氣等，常用藥劑消毒的方法；對于啤酒、果汁、牛奶、醬油等，常進行消毒處理的巴氏消毒法等等。
      滅菌是指用物理或化學的方法殺滅或除掉物料及設(shè)備等器具中所有生命體的技術(shù)或工藝過程。滅菌實質(zhì)上可分為殺菌和溶菌兩種：前者指菌體雖死，但形體尚存；后者則指菌體
殺死后，其細胞發(fā)生溶化、消失的現(xiàn)象。工業(yè)生產(chǎn)中常用的滅菌方法有化學藥劑滅菌、熱滅
菌(包括干熱滅菌和濕熱滅菌)、輻射滅菌、臭氧滅菌和過濾介質(zhì)除菌。